دليل لإصلاح أخطاء تثبيت وحدة RXNFP

دليل لإصلاح أخطاء تثبيت وحدة RXNFP
دليل لإصلاح أخطاء تثبيت وحدة RXNFP
Lucas Simon
الخميس، ٢٣ مايو ٢٠٢٤ ٩:١٦:٥٦ م

استكشاف مشكلات تثبيت RXNFP وإصلاحها

قد يكون تثبيت وحدة RXNFP في Python أمرًا صعبًا، خاصة عند مواجهة أخطاء مستمرة أثناء العملية. على الرغم من اتباع الإرشادات الرسمية، لا يزال بعض المستخدمين يواجهون صعوبات، خاصة عند استخدام pip أو git clone للتثبيت.

تهدف هذه المقالة إلى معالجة هذه المشكلات من خلال توفير دليل شامل لاستكشاف الأخطاء وإصلاحها وحل الأخطاء الشائعة التي تمت مواجهتها أثناء تثبيت وحدة RXNFP. سنغطي إعداد البيئة وإدارة التبعية والحلول المحددة للأخطاء التي تم الإبلاغ عنها.

يأمر وصف
conda create -n rxnfp python=3.6 -y إنشاء بيئة Conda جديدة باسم "rxnfp" مع الإصدار 3.6 من Python
conda install -c rdkit rdkit=2020.03.3 -y تثبيت حزمة RDKit من القناة المحددة
conda install -c tmap tmap -y يقوم بتثبيت حزمة TMAP من قناة TMAP
curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh تثبيت لغة البرمجة Rust باستخدام Rustup
source $HOME/.cargo/env يقوم بتحميل متغيرات بيئة Rust في جلسة الصدفة الحالية
rustc --version التحقق من الإصدار المثبت من برنامج التحويل البرمجي Rust
pip install -r requirements.txt يقوم بتثبيت كافة تبعيات Python المدرجة في ملف require.txt
python setup.py install تثبيت حزمة Python باستخدام البرنامج النصي للإعداد
RXNModel.from_pretrained("rxnfp_model") يقوم بتحميل RXNModel المدرب مسبقًا

حل مشكلات تثبيت RXNFP

تم تصميم البرامج النصية المقدمة لمعالجة المشكلات الشائعة التي تمت مواجهتها عند تثبيت وحدة RXNFP في Python. يقوم البرنامج النصي الأول بإعداد بيئة Conda باستخدام conda create -n rxnfp python=3.6 -y، يقوم بتثبيت الحزم الضرورية مع conda install -c rdkit rdkit=2020.03.3 -y و conda install -c tmap tmap -yوترقية النقطة قبل تثبيت RXNFP باستخدام pip install rxnfp. ويضمن هذا التعامل مع كافة التبعيات بشكل صحيح ضمن بيئة مخصصة، مما يقلل من التعارضات ومشكلات التوافق. بالإضافة إلى ذلك، يساعد استخدام Conda لإدارة البيئة على عزل وحدة RXNFP عن مشاريع Python الأخرى الموجودة على النظام.

يركز البرنامج النصي الثاني على تثبيت مترجم Rust، وهو مطلوب لبناء حزم معينة مثل الرموز المميزة. يبدأ بتنزيل Rust وتثبيته باستخدام curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh ثم قم بتحميل متغيرات بيئة Rust باستخدام source $HOME/.cargo/env. تضمن هذه الخطوة إعداد مترجم Rust بشكل صحيح وإمكانية الوصول إليه في PATH للنظام. وأخيرًا، يتحقق البرنامج النصي من التثبيت باستخدام rustc --version ويحاول إعادة تثبيت الحزمة الإشكالية باستخدام pip install tokenizers و pip install rxnfp. يعالج هذا التسلسل مشكلة برامج التحويل البرمجي Rust المفقودة أو القديمة، مما يتيح التثبيت الناجح لـ RXNFP.

إعداد بيئة Conda وتثبيت RXNFP

أوامر Shell لإعداد البيئة

conda create -n rxnfp python=3.6 -y
conda activate rxnfp
conda install -c rdkit rdkit=2020.03.3 -y
conda install -c tmap tmap -y
pip install --upgrade pip
pip install rxnfp

تثبيت مترجم الصدأ مع الصدأ

أوامر Shell لتثبيت Rust

curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh
source $HOME/.cargo/env
rustc --version
echo "Rust installed successfully"
pip install tokenizers
pip install rxnfp

تثبيت RXNFP من مستودع GitHub

أوامر Shell للاستنساخ والتثبيت من GitHub

git clone https://github.com/rxn4chemistry/rxnfp.git
cd rxnfp
pip install -r requirements.txt
pip install .
python setup.py install
echo "RXNFP installed successfully"

التحقق من التثبيت واستكشاف الأخطاء وإصلاحها

برنامج بايثون النصي للتحقق من التثبيت

import rxnfp
from rxnfp.models import RXNModel
print("RXNFP version:", rxnfp.__version__)
model = RXNModel.from_pretrained("rxnfp_model")
print("Model loaded successfully")
if __name__ == "__main__":
    print("Installation and verification complete")

استكشاف أخطاء تثبيت وحدة RXNFP وإصلاحها

تتضمن المشكلة الشائعة الأخرى عند تثبيت وحدة RXNFP ضمان وجود جميع التبعيات الضرورية على مستوى النظام. تعتمد وحدة RXNFP على العديد من المكتبات الخارجية التي تحتاج إلى تجميع، الأمر الذي يتطلب بدوره تثبيت مترجم C++ متوافق. بالإضافة إلى ذلك، قد يلزم إنشاء بعض حزم Python التي يعتمد عليها RXNFP من المصدر، مما يستلزم وجود بيئة بناء وظيفية على نظامك.

لتلبية هذه المتطلبات، غالبًا ما يكون من المفيد التأكد من تثبيت أدوات Xcode Command Line Tools على نظام macOS لديك، والتي توفر أدوات مساعدة للتطوير الأساسية. يمكنك تثبيت هذه الأدوات باستخدام الأمر xcode-select --install. علاوة على ذلك، فإن إدارة هذه التبعيات وعزلها باستخدام بيئة افتراضية أو أداة مثل Conda يمكن أن تقلل بشكل كبير من التعارضات المحتملة، وبالتالي تبسيط عملية التثبيت والمساعدة في تجنب المشكلات المتعلقة بالتبعيات غير المتطابقة.

الأسئلة الشائعة والحلول

  1. كيف أقوم بإنشاء بيئة كوندا جديدة؟
  2. استخدم الأمر conda create -n myenv python=3.6 -y لإنشاء بيئة جديدة باسم "myenv" مع إصدار Python 3.6.
  3. ماذا علي أن أفعل إذا فشلت النقطة في تثبيت الحزمة؟
  4. أولاً، حاول ترقية النقطة باستخدام pip install --upgrade pip. إذا استمرت المشكلة، فتحقق من أخطاء التبعية المحددة أو فكر في استخدام طريقة تثبيت مختلفة.
  5. كيف يمكنني تثبيت Rust على نظام التشغيل macOS؟
  6. استخدم الأمر curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh لتثبيت Rust عبر Rust، وهو مثبت سلسلة أدوات Rust.
  7. لماذا أحتاج إلى أدوات سطر أوامر Xcode لتثبيت RXNFP؟
  8. توفر أدوات سطر أوامر Xcode المترجمين الضروريين وأدوات البناء المطلوبة لتجميع حزم Python معينة من المصدر.
  9. ما الأمر الذي يضمن إعداد Rust بشكل صحيح؟
  10. بعد التثبيت، قم بتشغيل rustc --version للتحقق مما إذا كان برنامج التحويل البرمجي Rust مثبتًا ويمكن الوصول إليه.
  11. كيف أتعامل مع تبعيات RXNFP باستخدام Conda؟
  12. قم بإنشاء بيئة Conda جديدة وقم بتثبيت التبعيات باستخدام conda install -c rdkit rdkit=2020.03.3 -y و conda install -c tmap tmap -y.
  13. ماذا يفعل الأمر pip install -r requirements.txt يفعل؟
  14. يقوم بتثبيت جميع حزم Python المدرجة في ملف require.txt، مما يضمن استيفاء جميع التبعيات.
  15. كيف يمكنني استنساخ مستودع RXNFP من GitHub؟
  16. يستخدم git clone https://github.com/rxn4chemistry/rxnfp.git لاستنساخ المستودع على جهازك المحلي.
  17. ماذا يجب أن أفعل إذا واجهت أخطاء أثناء عملية بناء العجلة؟
  18. تأكد من تثبيت كافة المترجمات الضرورية وحاول تحديث النقطة. قد تحتاج أيضًا إلى تثبيت أدوات إنشاء إضافية خاصة بنظام التشغيل الخاص بك.

اختتام عملية تثبيت RXNFP

يتضمن تثبيت وحدة RXNFP بنجاح إعداد البيئة المناسبة والتأكد من تكوين جميع التبعيات وأدوات البناء بشكل صحيح. يساعد استخدام Conda لإدارة البيئة والتبعيات على عزل المشروع وتجنب التعارضات. بالإضافة إلى ذلك، فإن تثبيت مترجم Rust والأدوات الضرورية الأخرى يضمن التعامل مع الحزم التي تتطلب الترجمة بسلاسة.

باتباع الخطوات والبرامج النصية التفصيلية الواردة في هذا الدليل، يمكنك التغلب على عقبات التثبيت الشائعة وتشغيل وحدة RXNFP على نظام macOS الخاص بك. يعد إعداد البيئة المناسبة وإدارة التبعية أمرًا ضروريًا للحصول على تجربة تثبيت سلسة.