Els problemes d'Apktool poden ser difícils de solucionar durant la modificació d'un APK, sobretot quan impliquen compatibilitat d'atributs. Trobar atributs que falten a AndroidManifest.xml durant el procés de creació de l'APK, com ara android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow, normalment indica incompatibilitats entre el marc APK i Apktool. L'eliminació de propietats molestes o l'actualització d'eines són respostes pràctiques. Per tal de garantir compilacions més fluides i menys interrupcions en els procediments de personalització d'APK, aquest article deconstrueix moltes tècniques basades en scripts per automatitzar aquestes correccions. Aquests problemes recurrents els solucionen fàcilment els desenvolupadors mitjançant scripts i resolució de problemes pràctica.