Obvyklé problémy s kompilací v OpenBabel jsou popsány v tomto tutoriálu, se zvláštní pozorností na opravu chyby hodin, která se objevila během procesu sestavování. Zdůrazňuje, jak zásadní je nahradit zastaralé metody C++, jako je std::binary_function, a zahrnout chybějící hlavičky jako ctime.