Apktool-problemer kan være svære at rette, mens du ændrer en APK, især når de involverer attributkompatibilitet. At finde manglende attributter i AndroidManifest.xml under APK-oprettelsesprocessen, såsom android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow, indikerer normalt inkompatibilitet mellem APK-rammeværket og Apktool. Fjernelse af besværlige egenskaber eller opdatering af værktøjer er praktiske svar. For at sikre jævnere builds og færre afbrydelser i APK-tilpasningsprocedurer, dekonstruerer denne artikel mange script-baserede teknikker til automatisering af disse rettelser. Disse tilbagevendende problemer løses nemt af udviklere, der bruger både scripting og praktisk fejlfinding.