Det kan være svært at konfigurere et arbejdsmiljø for D3.js, især for nybegyndere. Det er nødvendigt at omhyggeligt linke JavaScript-filer, importere D3 og sikre, at dine datafiler er korrekt forbundet. Brug af en live-server til at teste din opsætning, som Node.js, kan også hjælpe med at forenkle udviklingen.