Python giver flere måder at udføre eksterne programmer og kalde systemkommandoer direkte fra scripts. Nøglemetoder omfatter brug af underproces-modulet til at køre kommandoer og indfange deres output, og funktionen os.system til enklere kommandoudførelse. Derudover kan shlex-modulet hjælpe med at parse shell-kommandoer korrekt.