Τα ζητήματα του Apktool μπορεί να είναι δύσκολο να επιλυθούν κατά την τροποποίηση ενός APK, ιδιαίτερα όταν περιλαμβάνουν συμβατότητα χαρακτηριστικών. Η εύρεση χαρακτηριστικών που λείπουν στο AndroidManifest.xml κατά τη διαδικασία δημιουργίας APK, όπως το android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow, συνήθως υποδεικνύει ασυμβατότητες μεταξύ του πλαισίου APK και του Apktool. Η κατάργηση των ενοχλητικών ιδιοτήτων ή η ενημέρωση εργαλείων είναι πρακτικές απαντήσεις. Προκειμένου να διασφαλιστούν ομαλότερες εκδόσεις και λιγότερες διακοπές στις διαδικασίες προσαρμογής APK, αυτό το άρθρο αποδομεί πολλές τεχνικές που βασίζονται σε σενάρια για την αυτοματοποίηση αυτών των επιδιορθώσεων. Αυτά τα επαναλαμβανόμενα προβλήματα διορθώνονται εύκολα από τους προγραμματιστές χρησιμοποιώντας τόσο τη δημιουργία δέσμης ενεργειών όσο και την πρακτική αντιμετώπιση προβλημάτων.