Apktooli probleeme võib APK muutmisel olla keeruline parandada, eriti kui need hõlmavad atribuutide ühilduvust. APK loomise ajal failis AndroidManifest.xml puuduvate atribuutide (nt android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow) leidmine viitab tavaliselt APK raamistiku ja Apktooli vahelisele ühilduvusele. Tülikate omaduste eemaldamine või tööriistade värskendamine on praktiline lahendus. Selleks et tagada sujuvam ehitamine ja vähem katkestusi APK kohandamisprotseduurides, dekonstrueeritakse selles artiklis palju skriptipõhiseid tehnikaid nende paranduste automatiseerimiseks. Neid korduvaid probleeme lahendavad arendajad hõlpsalt nii skriptimise kui ka praktilise tõrkeotsingu abil.