Apktool-ongelmia voi olla vaikea korjata APK:ta muokatessa, varsinkin jos niihin liittyy määritteiden yhteensopivuus. Puuttuvien attribuuttien löytäminen tiedostosta AndroidManifest.xml APK:n luontiprosessin aikana, kuten android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow, tarkoittaa yleensä yhteensopimattomuutta APK-kehyksen ja Apktoolin välillä. Ongelmallisten ominaisuuksien poistaminen tai työkalujen päivittäminen ovat käytännöllisiä vastauksia. Jotta varmistetaan sujuvammat koontiversiot ja vähemmän keskeytyksiä APK:n mukauttamismenettelyissä, tässä artikkelissa puretaan monia komentosarjapohjaisia ​​tekniikoita näiden korjausten automatisoimiseksi. Kehittäjät voivat helposti korjata nämä toistuvat ongelmat käyttämällä sekä komentosarjaa että käytännön vianetsintää.