Työympäristön määrittäminen D3.js:lle voi olla vaikeaa, etenkin aloittelijoille. JavaScript-tiedostot on linkitettävä huolellisesti, tuotava D3 ja varmistettava, että datatiedostot on yhdistetty oikein. Live-palvelimen, kuten Node.js:n, käyttäminen asetusten testaamiseen voi myös yksinkertaistaa kehitystä.