OpenBabel में सामान्य संकलन समस्याओं को इस ट्यूटोरियल में शामिल किया गया है, जिसमें निर्माण प्रक्रिया के दौरान आने वाली घड़ी त्रुटि को ठीक करने पर विशेष ध्यान दिया गया है। यह इस बात पर जोर देता है कि std::binary_function जैसी पुरानी C++ विधियों को बदलना और ctime जैसे गुम हेडर को शामिल करना कितना महत्वपूर्ण है। डेबियन जैसे नवीनतम लिनक्स वितरणों का उपयोग करने वाले डेवलपर्स के लिए, संकलन के दौरान CLOCKS_PER_SEC जैसी लापता मैक्रो त्रुटियों के साथ-साथ अप्रचलित चेतावनियों को दूर करने में मदद करने के लिए समाधान पेश किए जाते हैं।