अनधिकृत प्रविष्टि के विरुद्ध सर्वर पहुंच की सुरक्षा के लिए SSH निजी कुंजियों को सुरक्षित करना आवश्यक है। इन कुंजियों के लिए उचित अनुमतियाँ संभावित सुरक्षा उल्लंघनों को रोकती हैं, जिससे सिस्टम हमलों के प्रति अधिक लचीला हो जाता है। बैश और पायथन में स्क्रिप्ट इन अनुमतियों को प्रभावी ढंग से समायोजित करने के लिए स्वचालित समाधान प्रदान करती हैं, जिससे समग्र सुरक्षा बढ़ती है। इसके अतिरिक्त, सुरक्षित एसएसएच वातावरण बनाए रखने के लिए पासफ़्रेज़ सुरक्षा, कुंजी रोटेशन और नियमित ऑडिट जैसी प्रमुख प्रबंधन प्रथाएँ महत्वपूर्ण हैं।