Probleme s Apktoolom može biti teško riješiti tijekom izmjene APK-a, osobito kada uključuju kompatibilnost atributa. Pronalaženje atributa koji nedostaju u AndroidManifest.xml tijekom procesa stvaranja APK-a, kao što je android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow, obično ukazuje na nekompatibilnost između APK okvira i Apktoola. Uklanjanje problematičnih svojstava ili ažuriranje alata praktični su odgovori. Kako bi se osigurale glatke izrade i manje prekida u postupcima prilagodbe APK-a, ovaj članak dekonstruira mnoge tehnike temeljene na skripti za automatizaciju ovih popravaka. Ove probleme koji se ponavljaju programeri lako popravljaju pomoću skriptiranja i praktičnog rješavanja problema.