Uobičajeni problemi s kompilacijom u OpenBabelu obrađeni su u ovom vodiču, s posebnom pažnjom na popravljanje pogreške sata koja se pojavila tijekom procesa izgradnje. Naglašava koliko je ključno zamijeniti zastarjele C++ metode poput std::binary_function i uključiti zaglavlja koja nedostaju kao što je ctime.