Nakon slučajnog brisanja mapa `.ecryptfs` i `.Private`, može biti teško oporaviti šifrirani matični direktorij. Ova uputa opisuje kako koristiti programe kao što je PhotoRec za ponovnu izgradnju važnih datoteka kao što je wrapped-passphrase, obnavljanje datoteka koje nedostaju i njihovo raspoređivanje u odgovarajuće mape. Montiranje dešifriranih mapa i rješavanje problema oporavka važne su teme.