Az Apktool-problémák nehezen javíthatók az APK módosításakor, különösen akkor, ha az attribútumok kompatibilitásával járnak. Ha az APK létrehozása során hiányzó attribútumokat talál az AndroidManifest.xml fájlban, például az android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow, az általában az APK keretrendszer és az Apktool közötti összeférhetetlenséget jelzi. A problémás tulajdonságok eltávolítása vagy az eszközök frissítése praktikus megoldás. A zökkenőmentesebb felépítések és az APK testreszabási eljárásainak kevesebb megszakítása érdekében ez a cikk számos szkriptalapú technikát bont ki a javítások automatizálására. Ezeket az ismétlődő problémákat a fejlesztők könnyen kijavíthatják a szkriptek és a gyakorlati hibaelhárítás segítségével.