A D3.js munkakörnyezetének beállítása nehéz lehet, különösen a kezdők számára. Gondosan össze kell kapcsolnia a JavaScript fájlokat, importálnia kell a D3 fájlt, és biztosítania kell az adatfájlok megfelelő csatlakoztatását. Élő szerver használata a beállítás tesztelésére, például a Node.js, szintén megkönnyítheti a fejlesztést.