Įprastos „OpenBabel“ kompiliavimo problemos aptariamos šioje mokymo programoje, ypatingą dėmesį skiriant laikrodžio klaidos, kuri atsirado kūrimo proceso metu, taisymui. Jame pabrėžiama, kaip labai svarbu pakeisti pasenusius C++ metodus, pvz., std::binary_function, ir įtraukti trūkstamas antraštes, pvz., ctime.