D3.js darbo aplinkos nustatymas gali būti sudėtingas, ypač pradedantiesiems. Būtina atidžiai susieti JavaScript failus, importuoti D3 ir užtikrinti, kad duomenų failai būtų tinkamai prijungti. Tiesioginio serverio naudojimas sąrankai išbandyti, pvz., Node.js, taip pat gali padėti supaprastinti kūrimą.