RXNFP modulio diegimo klaidų taisymo vadovas

RXNFP modulio diegimo klaidų taisymo vadovas
RXNFP modulio diegimo klaidų taisymo vadovas
Lucas Simon
2024 m. gegužės 23 d., ketvirtadienis 22:04:55

RXNFP diegimo trikčių šalinimas

Įdiegti RXNFP modulį Python gali būti sudėtinga, ypač kai proceso metu susiduriama su nuolatinėmis klaidomis. Nepaisant oficialių nurodymų, kai kurie vartotojai ir toliau susiduria su sunkumais, ypač diegdami naudodami pip arba git kloną.

Šiuo straipsniu siekiama išspręsti šias problemas, pateikiant išsamų trikčių šalinimo ir įprastų klaidų, kylančių diegiant RXNFP modulį, sprendimo vadovą. Aptarsime aplinkos sąranką, priklausomybės valdymą ir konkrečius praneštų klaidų sprendimus.

komandą apibūdinimas
conda create -n rxnfp python=3.6 -y Sukuria naują „Conda“ aplinką pavadinimu „rxnfp“ su Python 3.6 versija
conda install -c rdkit rdkit=2020.03.3 -y Įdiegia RDKit paketą iš nurodyto kanalo
conda install -c tmap tmap -y Įdiegia TMAP paketą iš TMAP kanalo
curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh Įdiegia Rust programavimo kalbą naudodamas rustup
source $HOME/.cargo/env Įkelia „Rust“ aplinkos kintamuosius į dabartinę apvalkalo seansą
rustc --version Tikrina įdiegtą Rust kompiliatoriaus versiją
pip install -r requirements.txt Diegiamos visos Python priklausomybės, nurodytos faile requirements.txt
python setup.py install Naudodamas sąrankos scenarijų įdiegia Python paketą
RXNModel.from_pretrained("rxnfp_model") Įkeliamas iš anksto paruoštas RXNModel

RXNFP diegimo problemų sprendimas

Pateikti scenarijai skirti spręsti įprastas problemas, su kuriomis susiduriama diegiant RXNFP modulį Python. Pirmasis scenarijus nustato Conda aplinką su conda create -n rxnfp python=3.6 -y, įdiegia reikiamus paketus su conda install -c rdkit rdkit=2020.03.3 -y ir conda install -c tmap tmap -y, ir atnaujina pip prieš diegdami RXNFP naudodami pip install rxnfp. Tai užtikrina, kad visos priklausomybės būtų tinkamai tvarkomos tam skirtoje aplinkoje, sumažinant konfliktus ir suderinamumo problemas. Be to, „Conda“ naudojimas aplinkos valdymui padeda atskirti RXNFP modulį nuo kitų sistemoje esančių Python projektų.

Antrasis scenarijus skirtas įdiegti Rust kompiliatorių, kuris reikalingas tam tikriems paketams, pvz., žetonams, kurti. Tai prasideda atsisiunčiant ir įdiegus Rust with curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh ir tada įkelkite Rust aplinkos kintamuosius su source $HOME/.cargo/env. Šis veiksmas užtikrina, kad Rust kompiliatorius būtų tinkamai nustatytas ir pasiekiamas sistemos PATH. Galiausiai scenarijus patikrina diegimą su rustc --version ir bando iš naujo įdiegti probleminį paketą naudodami pip install tokenizers ir pip install rxnfp. Ši seka sprendžia trūkstamų arba pasenusių Rust kompiliatorių problemą, leidžiančią sėkmingai įdiegti RXNFP.

Conda aplinkos nustatymas ir RXNFP diegimas

Shell komandos, skirtos aplinkai nustatyti

conda create -n rxnfp python=3.6 -y
conda activate rxnfp
conda install -c rdkit rdkit=2020.03.3 -y
conda install -c tmap tmap -y
pip install --upgrade pip
pip install rxnfp

„Rust Compiler“ įdiegimas naudojant „rustup“.

„Shell“ komandos, skirtos „Rust“ diegimui

curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh
source $HOME/.cargo/env
rustc --version
echo "Rust installed successfully"
pip install tokenizers
pip install rxnfp

RXNFP diegimas iš „GitHub“ saugyklos

Shell komandos, skirtos klonuoti ir įdiegti iš „GitHub“.

git clone https://github.com/rxn4chemistry/rxnfp.git
cd rxnfp
pip install -r requirements.txt
pip install .
python setup.py install
echo "RXNFP installed successfully"

Diegimo patikrinimas ir trikčių šalinimas

Python scenarijus diegimui patikrinti

import rxnfp
from rxnfp.models import RXNModel
print("RXNFP version:", rxnfp.__version__)
model = RXNModel.from_pretrained("rxnfp_model")
print("Model loaded successfully")
if __name__ == "__main__":
    print("Installation and verification complete")

RXNFP modulio diegimo trikčių šalinimas

Kita dažna problema diegiant RXNFP modulį yra užtikrinti, kad yra visos būtinos sistemos lygio priklausomybės. RXNFP modulis priklauso nuo kelių išorinių bibliotekų, kurias reikia sukompiliuoti, o tam savo ruožtu reikia įdiegti suderinamą C++ kompiliatorių. Be to, tam tikrus Python paketus, nuo kurių priklauso RXNFP, gali tekti kurti iš šaltinio, todėl jūsų sistemoje reikia turėti funkcinę kūrimo aplinką.

Norint patenkinti šiuos reikalavimus, dažnai naudinga užtikrinti, kad jūsų „MacOS“ sistemoje būtų įdiegti „Xcode Command Line Tools“, kuriuose yra pagrindinės kūrimo priemonės. Šiuos įrankius galite įdiegti naudodami komandą xcode-select --install. Be to, šių priklausomybių valdymas ir izoliavimas naudojant virtualią aplinką arba įrankį, pvz., „Conda“, gali žymiai sumažinti galimus konfliktus, taip supaprastinti diegimo procesą ir padėti išvengti problemų, susijusių su nesuderinamomis priklausomybėmis.

Dažniausiai užduodami klausimai ir sprendimai

  1. Kaip sukurti naują Conda aplinką?
  2. Naudokite komandą conda create -n myenv python=3.6 -y sukurti naują aplinką pavadinimu „myenv“ su Python 3.6 versija.
  3. Ką daryti, jei pip nepavyksta įdiegti paketo?
  4. Pirmiausia pabandykite atnaujinti pip naudodami pip install --upgrade pip. Jei problema išlieka, patikrinkite, ar nėra konkrečių priklausomybės klaidų, arba apsvarstykite galimybę naudoti kitą diegimo metodą.
  5. Kaip galiu įdiegti Rust „MacOS“?
  6. Naudokite komandą curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh Norėdami įdiegti „Rust“ naudodami „rustup“, „Rust“ įrankių grandinės diegimo programą.
  7. Kodėl man reikia „Xcode“ komandų eilutės įrankių norint įdiegti RXNFP?
  8. „Xcode“ komandų eilutės įrankiai teikia reikalingus kompiliatorius ir kūrimo įrankius, reikalingus tam tikriems „Python“ paketams kompiliuoti iš šaltinio.
  9. Kokia komanda užtikrina, kad Rust būtų tinkamai nustatytas?
  10. Įdiegę paleiskite rustc --version norėdami patikrinti, ar Rust kompiliatorius yra įdiegtas ir pasiekiamas.
  11. Kaip tvarkyti RXNFP priklausomybes naudojant „Conda“?
  12. Sukurkite naują „Conda“ aplinką ir įdiekite priklausomybes conda install -c rdkit rdkit=2020.03.3 -y ir conda install -c tmap tmap -y.
  13. Ką reiškia komanda pip install -r requirements.txt daryti?
  14. Jis įdiegia visus Python paketus, nurodytus faile requirements.txt, užtikrindamas, kad būtų įvykdytos visos priklausomybės.
  15. Kaip galiu klonuoti RXNFP saugyklą iš „GitHub“?
  16. Naudokite git clone https://github.com/rxn4chemistry/rxnfp.git Norėdami klonuoti saugyklą į vietinį kompiuterį.
  17. Ką daryti, jei rato konstravimo proceso metu įvyksta klaidų?
  18. Įsitikinkite, kad įdiegėte visus reikiamus kompiliatorius ir pabandykite atnaujinti pip. Taip pat gali tekti įdiegti papildomų kūrimo įrankių, būdingų jūsų operacinei sistemai.

RXNFP diegimo proceso pabaiga

Norint sėkmingai įdiegti RXNFP modulį, reikia nustatyti tinkamą aplinką ir užtikrinti, kad visos priklausomybės ir kūrimo įrankiai būtų tinkamai sukonfigūruoti. „Conda“ naudojimas aplinkai ir priklausomybėms valdyti padeda izoliuoti projektą ir išvengti konfliktų. Be to, įdiegus Rust kompiliatorių ir kitus reikalingus įrankius užtikrinama, kad paketai, kuriuos reikia kompiliuoti, būtų tvarkomi sklandžiai.

Vykdydami šiame vadove pateiktus išsamius veiksmus ir scenarijus, galite įveikti įprastas diegimo kliūtis ir paleisti RXNFP modulį savo macOS sistemoje. Tinkama aplinkos sąranka ir priklausomybės valdymas yra labai svarbūs sklandžiam diegimui.