Pēc nejaušas mapju ".ecryptfs" un ".Private" dzēšanas var būt grūti atgūt šifrētu mājas direktoriju. Šajā instrukcijā ir aprakstīts, kā izmantot tādas programmas kā PhotoRec, lai atjaunotu svarīgus failus, piemēram, ieslēgto ieejas frāzi, atgūtu trūkstošos failus un sakārtotu tos attiecīgajās mapēs. Atšifrētu mapju uzstādīšana un atkopšanas problēmu risināšana ir svarīgas tēmas.