एपीकेमध्ये सुधारणा करताना Apktool समस्यांचे निराकरण करणे कठीण होऊ शकते, विशेषत: जेव्हा त्यात विशेषता सुसंगतता समाविष्ट असते. APK निर्मिती प्रक्रियेदरम्यान AndroidManifest.xml मध्ये गहाळ विशेषता शोधणे, जसे की android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow, सहसा APK फ्रेमवर्क आणि Apktool मधील विसंगती दर्शवते. त्रासदायक गुणधर्म काढून टाकणे किंवा साधने अपडेट करणे ही व्यावहारिक उत्तरे आहेत. एपीके सानुकूलन प्रक्रियेमध्ये नितळ बिल्ड आणि कमी व्यत्यय सुनिश्चित करण्यासाठी, हा लेख या निराकरणे स्वयंचलित करण्यासाठी अनेक स्क्रिप्ट-आधारित तंत्रांची रचना करतो. स्क्रिप्टिंग आणि हँड-ऑन ट्रबलशूटिंग या दोन्हींचा वापर करून विकासकांद्वारे या पुनरावर्तित समस्या सहजपणे निश्चित केल्या जातात.