Python biedt verschillende manieren om externe programma's uit te voeren en systeemopdrachten rechtstreeks vanuit scripts aan te roepen. Belangrijke methoden zijn onder meer het gebruik van de module subprocess voor het uitvoeren van opdrachten en het vastleggen van de uitvoer ervan, en de functie os.system voor eenvoudiger uitvoering van opdrachten. Bovendien kan de shlex-module helpen bij het correct parseren van shell-opdrachten.