Apktool-problemer kan være vanskelig å fikse mens du endrer en APK, spesielt når de involverer attributtkompatibilitet. Å finne manglende attributter i AndroidManifest.xml under APK-opprettingsprosessen, for eksempel android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow, indikerer vanligvis inkompatibilitet mellom APK-rammeverket og Apktool. Å fjerne plagsomme egenskaper eller oppdatere verktøy er praktiske svar. For å sikre jevnere bygg og færre avbrudd i APK-tilpasningsprosedyrer, dekonstruerer denne artikkelen mange skriptbaserte teknikker for å automatisere disse rettelsene. Disse tilbakevendende problemene løses enkelt av utviklere som bruker både skripting og praktisk feilsøking.