Fordi Instagrams nettleser i appen håndterer URL-er på en begrenset måte, har dyplenker ofte problemer med å fungere der. Dette forårsaker problemer for apper som bruker tilpassede skjemaer eller Universelle koblinger i miljøer som Flutter. Denne begrensningen kan løses for å sikre jevn appnavigasjon ved å konfigurere apple-app-site-association-filen på riktig måte, teste brukeragentatferd og undersøke verktøy som urlgenius.