Med riktig metode kan det være enkelt å fjerne Ngrok fra et Debian-system. Brukere kan sørge for at systemet deres er optimalisert, fjerne programmer og slette konfigurasjonsfiler ved å bruke verktøy som Python eller Bash. Å avinstallere programvaren på riktig måte holder systemet trygt og rent for rot ved å forhindre mulige konflikter med oppdateringer eller nye verktøy.