Python gir flere måter å kjøre eksterne programmer og kalle systemkommandoer direkte fra skript. Nøkkelmetoder inkluderer bruk av underprosess-modulen for å kjøre kommandoer og fange opp utdataene deres, og os.system-funksjonen for enklere kommandoutførelse. I tillegg kan shlex-modulen hjelpe til med å analysere skallkommandoer riktig.