Skonfigurowanie środowiska pracy dla D3.js może być trudne, szczególnie dla nowicjuszy. Konieczne jest dokładne powiązanie plików JavaScript, zaimportowanie D3 i upewnienie się, że pliki danych są prawidłowo połączone. Korzystanie z działającego serwera do testowania konfiguracji, takiego jak Node.js, może również pomóc w uproszczeniu programowania.