Ponieważ przeglądarka w aplikacji Instagrama obsługuje adresy URL w ograniczony sposób, głębokie linki często mają w niej problemy z działaniem. Powoduje to problemy w aplikacjach korzystających ze schematów niestandardowych lub Universal Links w środowiskach takich jak Flutter. To ograniczenie można rozwiązać, aby zapewnić płynną nawigację w aplikacji, odpowiednio konfigurując plik apple-app-site-association, testując zachowanie klienta użytkownika i sprawdzając narzędzia takie jak urlgenius.