Problemele Apktool pot fi dificil de rezolvat în timpul modificării unui APK, în special atunci când implică compatibilitatea atributelor. Găsirea atributelor lipsă în AndroidManifest.xml în timpul procesului de creare a APK-ului, cum ar fi android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow, indică de obicei incompatibilități între cadrul APK și Apktool. Eliminarea proprietăților supărătoare sau actualizarea instrumentelor sunt răspunsuri practice. Pentru a asigura versiuni mai fluide și mai puține întreruperi în procedurile de personalizare APK, acest articol deconstruiește multe tehnici bazate pe scripturi pentru automatizarea acestor remedieri. Aceste probleme repetate sunt rezolvate cu ușurință de către dezvoltatori folosind atât scripturi, cât și depanare practică.