Problémy s nástrojom Apktool môžu byť ťažké opraviť pri úprave súboru APK, najmä ak zahŕňajú kompatibilitu atribútov. Nájdenie chýbajúcich atribútov v AndroidManifest.xml počas procesu vytvárania súboru APK, ako napríklad android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow, zvyčajne naznačuje nekompatibilitu medzi rámcom APK a nástrojom Apktool. Praktickými odpoveďami sú odstránenie problematických vlastností alebo aktualizácia nástrojov. S cieľom zabezpečiť plynulejšie zostavovanie a menej prerušení v postupoch prispôsobenia súborov APK tento článok dekonštruuje mnohé techniky založené na skriptoch na automatizáciu týchto opráv. Tieto opakujúce sa problémy vývojári ľahko opravia pomocou skriptovania aj praktického riešenia problémov.