Zvyčajné problémy s kompiláciou v OpenBabel sú zahrnuté v tomto návode, s osobitnou pozornosťou na opravu chyby hodin, ktorá sa objavila počas procesu zostavovania. Zdôrazňuje, aké dôležité je nahradiť zastarané metódy C++ ako std::binary_function a zahrnúť chýbajúce hlavičky ako ctime.