Pri zaklepanju Pipfile je lahko nadležno naleteti na težave Pipenv, zlasti pri obravnavanju več odvisnosti. Navzkrižja različic in zastareli paketi pogosto povzročajo težave, ki zahtevajo samodejne popravke ali ročno posredovanje. Razvijalci lahko pospešijo postopek zaklepanja in se izognejo pogostim napakam tako, da vedo, kako avtomatizirati postopek ravnanja z mehanizmi ponovnega poskusa in preverjanja odvisnosti.