பைதான் வெளிப்புற நிரல்களை இயக்க பல வழிகளை வழங்குகிறது மற்றும் ஸ்கிரிப்ட்களிலிருந்து நேரடியாக கணினி கட்டளைகளை அழைக்கிறது. கட்டளைகளை இயக்குவதற்கும் அவற்றின் வெளியீட்டைக் கைப்பற்றுவதற்கும் துணைச் செயலாக்கம் தொகுதியைப் பயன்படுத்துதல் மற்றும் எளிமையான கட்டளைச் செயலாக்கத்திற்கான os.system செயல்பாடு ஆகியவை முக்கிய முறைகளில் அடங்கும். கூடுதலாக, shlex தொகுதி ஷெல் கட்டளைகளை சரியாக அலச உதவும்.