Bir APK'yi değiştirirken, özellikle de özellik uyumluluğu söz konusu olduğunda Apktool sorunlarını düzeltmek zor olabilir. APK oluşturma işlemi sırasında AndroidManifest.xml dosyasında android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow gibi eksik özelliklerin bulunması, genellikle APK çerçevesi ile Apktool arasındaki uyumsuzlukları gösterir. Sorunlu özellikleri kaldırmak veya araçları güncellemek pratik yanıtlardır. APK özelleştirme prosedürlerinde daha sorunsuz derlemeler ve daha az kesinti sağlamak için bu makale, bu düzeltmeleri otomatikleştirmeye yönelik birçok komut dosyası tabanlı tekniğin yapısını bozar. Tekrarlanan bu sorunlar, geliştiriciler tarafından hem komut dosyası hem de uygulamalı sorun giderme kullanılarak kolayca giderilebilir.