Các sự cố của Apktool có thể khó khắc phục khi sửa đổi APK, đặc biệt khi chúng liên quan đến khả năng tương thích thuộc tính. Việc tìm thấy các thuộc tính bị thiếu trong AndroidManifest.xml trong quá trình tạo APK, chẳng hạn như android:allowCrossUidActivitySwitchFromBelow, thường cho biết sự không tương thích giữa khung APK và Apktool. Loại bỏ các thuộc tính rắc rối hoặc cập nhật công cụ là những câu trả lời thiết thực. Để đảm bảo quá trình xây dựng mượt mà hơn và ít bị gián đoạn hơn trong quy trình tùy chỉnh APK, bài viết này giải mã nhiều kỹ thuật dựa trên tập lệnh để tự động hóa các bản sửa lỗi này. Các sự cố tái diễn này có thể dễ dàng được các nhà phát triển khắc phục bằng cách sử dụng cả cách khắc phục sự cố bằng tập lệnh và thực hành.