Việc quản lý quyền truy cập vào kho lưu trữ Bitbucket đòi hỏi sự cân bằng giữa bảo mật và khả năng cộng tác dễ dàng. Việc sử dụng mật khẩu ứng dụng cho phép xác thực an toàn, bảo vệ kho lưu trữ khỏi bị truy cập trái phép.